Neavând un moștenitor direct, baronul von Brukenthal a ales, pentru redactarea testamentului său, o formă legală practicată în imperiul Romano-German: este vorba de fidei-comiss. A apelat la această formă de transmitere a averii pentru că, în acest mod, atât averea cât și colecțiile nu puteau fi împărțite.
Documentul original se găsește la Arhiva centrală a bisericii evanghelice C.A. din România, iar o copie se găsește la Direcția județeană a Arhivelor Naționale din Sibiu, în Colecția de documente Brukenthal la cota CD 1-51, nr. 28.
Prin fidei comiss, întreaga avere a baronului era transmisă, din generație în generație, unui singur moștenitor universal; în cazul în care ultimul moștenitor masculin nu va mai fi, întreaga avere urma să treacă în posesia Gimnaziului Evanghelic.
La 3 ianuarie 1802, moștenitorul universal desemnat a fost minorul Johann Michael Joseph (1781-1856), fiul lui Peter Carl von Brukenthal (1753-1807), nepotul baronului și al Katharinei Sophie Binder von Sachsenfels (1757-1789), nepoata preferată a baroanei von Brukenthal.
Un statut aparte l-au avut colecțiile. Acestea, conform dorinței baronului, au trecut în proprietatea Gimnaziului Evanghelic din Sibiu.
Lor li se adaugă un fond de 36.000 de florini pentru a le întreține.
Deoarece capitalul nu exista sub formă de lichidități, la moartea baronului, urmașii trebuiau să vândă din obiectele lăsate pentru a constitui acest fond. Din acesta urma ca, anual, 800 florini să fie folosiți pentru creșterea numărului volumelor bibliotecii, iar restul pentru extinderea și întreținerea colecțiilor (artă, numismatică, minerale etc.) și a palatului, precum și pentru plata personalului muzeului.
Banii lăsați moștenire urmau să fie folosiți în vederea deschiderii muzeului, pentru a pune la dispoziția publicului larg valoroasele colecții ale baronului.
Procesele cu urmașii lui Brukenthal, dar și devalorizarea produsă în anul 1811, ca urmare a pierderilor suferite de Imperiul Habsburgic în urma războaielor napoloniene, au fost cauzele care au determinat constituirea greoaie a fondului pentru muzeu.
La 25 februarie 1817, s-a reușit îndeplinirea dorinței testamentare a baronului. Din cuvântarea co-directorului Johann Filtsch, prim preot al orașului reiese că „... dorința noastră fierbinte este ca, indiferent de barierele naționale și religioase dintre locuitorii acestui oraș și ai acestei patrii, vizitarea muzeului să constituie un prilej fericit ca oamenii de reală valoare morală și spirituală să se cunoască și să se respecte”. După moartea, în 1872, a lui Hermann von Brukenthal, ultimul beneficiar al fidei-comissului, conform dorinței testamentare a lui Samuel von Brukenthal, toate fondurile rămase au trecut în proprietatea Bisericii Evanghelice.
Liniștea în Palatul Brukenthal a fost tulburată în continuare de un proces intentat de Gyula von Brukenthal, urmaș al lui Michael Gottlieb, cu care s-a încheiat în anul 1807 o înțelegere conform căreia, în schimbul a 40.000 de florini, acesta și urmașii săi renunțau la pretenții asupra averii lăsate de Brukenthal.
Dacă la prima instanță acțiunea a fost respinsă, recursul de la Budapesta a fost câștigat de Gyula. Totuși, după expertize efectuate la Budapesta,Viena și Berlin și cu un proces minuțios pregătit, biserica a ieșit învingătoare la cea de-a treia instanță, pentru a sluji misiunea încredințată în beneficiul publicului.